AIRE:
La actividad turística en la laguna es limitada, la navegación es practicada por menos del 6% de los visitantes a los pantanos.
La falta de desagüe y el número insuficiente de vertederos de residuos en las inmediaciones de los pantanos, afecta seriamente los aspectos sanitarios de cuerpos de agua (superficial y subterránea), así como el suelo, la vegetación, los campos de cultivo y el aire.
La colecta de residuos dentro del pantano se encuentra a cargo de una empresa de residuos sanitarios. El principal problema de la basura se presenta en las inmediaciones sobre todo en las fuentes de aguas del pantano, lo cual origina la presencia de roedores, alimañas e insectos y problemas de salubridad. El desmonte y la basura se arrojan principalmente en el norte y sureste de los pantanos, zonas de difícil control lo que genera el metano (gas contaminante del aire que respiramos).

SUELO:
El suelo de los pantanos es sensible a las actividades humanas de los grupos de presión de la zona de amortiguamiento. El inadecuado manejo de los pozos sépticos y los desagües viene generando la contaminación de la capa freática y el suelo. Asimismo, los incendios generados por pobladores o empresas además de dañar el suelo, destruyen el hábitat de aves y fauna silvestre.
El incendio de los Pantanos de Villa en Chorrillos que fue controlado anoche después de 11 horas aproximadamente dañó un área de 3 hectáreas, lo que representa casi el 1% del total de su extensión. La Municipalidad de Lima detalló que los animales que viven en el sector afectado de los Pantanos de Villa no sufrieron las consecuencias del incendio. “Las aves migratorias como la gaviota de franklin, zambullidor pico grueso, chorlos, entre otros, no se han visto afectadas debido a que su hábitat se encuentra en la zona de playa, a unos 1.000 metros del lugar de los hechos”, señaló la Municipalidad de Lima en un comunicado esta mañana.
La flora afectada por el fuego del incendio, principalmente junco y totora, “tiene la facilidad de reproducirse sin problemas”. La comuna calcula que en unos cuatro meses, la zona destruida estará completamente poblada. Chipana, L. (2014, Noviembre 28). Pantanos de Villa: incendio dañó 1% del área total de reserva. El comercio. Recuperado de:
http://elcomercio.pe/lima/accidentes/pantanos-villa-incendio-dano-1-area-total-reserva-noticia-1774975?ref=flujo_tags_10203&ft=nota_9&e=titulo
Actualmente el impacto de los suelos por la caminata se ha reducido por el cubrimiento con totora.
En algunas aéreas de los pantanos y alrededor de las lagunas se aprecian vegetación quemada producto de la salinización de los suelos. Si bien la salinización no es producto de actividad humana alguna, el manejo de la vegetación dañada mejoraría la estética, calidad del paisaje y atractivo turístico. Sin embargo, el retiro de los arbustos quemados producto de la salinización afectaría los nidos instalados en los mismos.
AGUA:
La contaminación de los manantiales de agua con residuos que alimentan genera problemas de salud a los pobladores de los asentamientos humanos aledaños porque el agua de las cisternas proviene de esas fuentes.
Algunos sectores de El humedal Pantanos de Villa presenta valores preocupantes para el desarrollo normal de la vida acuática. Evidencia de sobre carga orgánica o eutrofización, lo que además puede generar mayor contaminación del agua por malos olores, disminuyendo drásticamente la calidad de la experiencia turística y destruyendo el ecosistema turístico.
Las principales Fuentes de Alimentación a los Pantanos de Villa lo constituyen las aguas subterráneas del valle del río Rímac, que ingresan principalmente por el denominado “Cuello de Villa” y por la quebrada San Juan. Otra fuente de alimentación al acuífero es el canal de Surco por pérdidas en su conducción recarga el acuífero en el tramo de su recorrido de 5.5 Km. por el distrito de Chorrillos. El canal conduce agua con regularidad entre los meses de enero a marzo recogiendo las aguas servidas y los excedentes del riego desde su inicio de los distritos de El agustino, Ate Vitarte, Santa Anita, La Molina, San Borja y Santiago de Surco, con las cuales se riegan áreas agrícolas remanentes de la urbanización.
Actualmente, el área afronta diversos problemas como la dificultad en la sostenibilidad del flujo de agua al área. El abastecimiento de agua proviene de aguas subterráneas de la quebrada de San Juan y del Óvalo de Villa, de la cuenca marginal del río Rímac. La disponibilidad insuficiente de agua genera una alta fragilidad al sistema que depende exclusivamente del suministro continuo de agua.


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